Die Funktion Fachbaum abgleichen wird ebenfalls über das Kontextmenü des Fachbaumes aufgerufen und ähnelt sehr stark der Fachbaum importieren Funktion. Auch hier wird ein als XML-Datei gespeicherter Fachbaum in das bestehende Projekt geladen. Im Unterschied zum kompletten Import des Fachbaumes werden beim Abgleichen die vorhandenen Fachobjekte und deren Gruppierungen mit den in der XML-Datei gespeicherten Fachobjekten verglichen. Der Fachbaum in dem Projekt wird entsprechend der Vorgaben aus der XML-Datei angepasst.